日々鍛錬

日本で一番?わかり易い??システムの落書き帳???を目指し????,日々鍛錬中な元SEさん主婦研究者によるデベロッパとユーザと自分のための雑記帳

Jupyter lab(notebook)上でRも扱える?

せっかくデータサイエンスするのであれば,PythonだけでなくRも使えると便利かなと考えて,導入検討をした.

今回,インストール環境は以下の通り.

  • OS: Windows 10
  • Anaconda すでに導入
  • jupyter をconda install からインストール
  • python:3.7.3

Rのインストール

RのCRANより,Rのインストーラをダウンロードし,インストール

なお,Rのインストールは以下のQiitaの記事と同じ

qiita.com

ただし,インストールしたソフトウェアを管理しているので,インストール場所は自分の環境に従う.

Rをインストールして,Jupyter の環境を整えようとするが,以下の通り怒られる.

エラー: Git does not seem to be installed on your system.

これは,Githubが環境に入っていないからとのことでした(後述).
なのでGitHubも環境にインストールする.

GitHubのインストール

こちらのWebページの内容に従い,GitHubをインストール

eng-entrance.com

GitHubのHOMEは,研究の今後を検討し,ストレージを取りやすいように,ということで,私の環境は,以下にした.


D:\MyStrage\Git\home


また,RSAについても問い合わせが出てくる.
本来は作成しておいておくほうがよい. ただし,自分のローカルの情報のみであれば,とくに問題もないし,これ以上の進行においても特に影響がないので,理解が難しいなら,このRSAを作成する手順は除いていいかも... ただ,,,GithubのIDは持っておいたほうがよいと思うので,個人でご検討をお願いします.

R とPythonを連携するためのカーネルのインストール

環境変数にHOMEを追加しているなどを行っているので,一度,コンソール(おそらく起動しているのは,Rstudioかなと想定)を終了させておく.
また,Anaconda Promptが起動されているのであれば,Anaconda Promptを終了させておく.

Rstudioを再度実行して,以下のコマンドを実行

> install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))

ここで,エラーが出るようなら,以下のコマンドで一度IRkernel, IRdisplay を削除し,再度上記のコマンドを実行する

remove.packages(c("IRkernel", "IRdisplay"))

一応,私は以下のコマンドまでを,RStudioで実行しました.

>devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

最後に,RStudioにて,以下のコマンド実行を行うが,どうも,IRkernel がないよと怒られました.

IRkernel::installspec()

色々調べると,どうも,Anacondaの環境下で行うとよろしいとのことでしたので,Anaconda Promt を再起動して,Rの実行を読み込む

(base) ><Rをインストールした場所へのPath>\bin\x64\R.exe

Rが起動するので,Rのモードで以下のコマンドを実行する

IRkernel::installspec()

これで,Jupyter を起動し,Rのカーネルが存在していることを確認すると,Rが実行できる.