日々鍛錬

日本で一番?わかり易い??VTKの落書き帳???を目指し????,日々鍛錬中な元SEさん主婦研究者によるデベロッパとユーザと自分のための雑記帳

3D slicerのVolume 画像重ねあわせ方

3D slicer の画像重ね合わせの方法について,記述しておく.
まずは,3D slicerの画面構成の画像を提示
 f:id:tomokop:20140201234059j:plain

説明は画像内でも行ってますので,省略します.
もし必要なら,別の機会にでもキレイに記述する予定(あくまで未定ということ)

1. 重ねあわせたいVolumeの読み込み
読み込むためのVolumeを上の画像内のTool bar内Dataアイコンをクリックする.
読み込みたいファイルを選択すると以下の画像の通りになります.
複数選択も可能なので,試してみてください.
f:id:tomokop:20140201234502j:plain

私は今回,Slicerの公式サイトのTutrialのデータとして配布されているデータを用いました

  • spgr.nhdr : 人体の脳部医用画像(おそらく,MRI画像?)
  • all.nhdr*1:上記の画像から,各組織へ分けたRegionのラベル統合画像(多分)

2.上記の処理終了後,以下の画像が提示されます.
私の画面では,

  • モジュールが「volume」で提示されていることに注意.
  • 読み込まれたデータのうち,「all」というデータで提示されていることに注意.

f:id:tomokop:20140202001126j:plain

3. 3D Viewer上に画像を表示します.
2D anatomical Viewer上でどれでも良いので,各画面内の一番左端の「押しピン」ぽいアイコンをクリックすると以下の画像が出現します.
f:id:tomokop:20140202001519j:plain

Defaultは2つのリングが外れている状態ですので,このリングのアイコンをクリックし,リングをくっつけて下さい.
そうすると,3枚の画像間で連結でき,3D Viewer上で,3つの画像を同時に出力することができます.
リングの隣のつぶらな瞳をクリックすると,3D viewer上に3枚のスライス画像を出力することができます.
このつぶらな瞳こそ,3D viewer上に画像を表示するかどうかのボタンとなるわけです.

瞳の隣は,この画面上で表示したい平面を選択できます.
一番右端のリストは読み込んだデータのうち,提示したいデータを提示するものとなります.

4. では,3D Viewerを見ましょう
この3D Viewer上で左マウスでグリグリすると回転,右マウスでグリグリすると拡大縮小します.
f:id:tomokop:20140201234636j:plain

3D Viewerの一番左端にある,押しピンぽいアイコンをクリックすると,以下の画像が出現

f:id:tomokop:20140202000735j:plain

この画面の右端は医用画像の方向性を示しており,各軸をクリックすると,その軸方向から見た画像を提示します.
その隣の3x4のボックスを除いてみます.
全部の説明は大変なので,一部ピックアップ
一番左上のアイコンは平行投影,その下は透視投影,さらにその下は3D Viewer画面のプロパティ変更です.
このプロパティ変更で,画面の背景を黒や白に変更したり,軸名や軸のオンオフ切替ができます.

5. 2.で出現した,各2D anatomical Viewer上の押しピンボタンを押下して下さい.
一番左端にある「>>」ボタンをクリックすると以下の図が提示されます.
f:id:tomokop:20140202002824j:plain

ここで,「B」というボタンが色ついてます.そして,その上にあるボタンは「F」とついて,さらに,リストを見ると「None」となっています.
このリストから,「all」を選択すると,「F」の色が切り替わります.
この時,各ボタンととリストの間のスライダを上下に動かすと,重なったように見えます.
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これがボリューム間の重ねあわせです.

余談として,

読み込んだ,「all.nhdr」というデータはラベルデータですので, 各クラスへ分けられてます.
つまり,ファイルを読み込む時,ファイル選択したダイアログボックス上(1.の画像を参照)の右上に「show options」ボタンがあります.
このボタンにチェックを入れると以下の画面が提示されます.
f:id:tomokop:20140202004202j:plain

「Centered」と「LabelMap」にチェックを入れてOKボタンを入れると,色付きの画像が提示されます.
f:id:tomokop:20140202005220j:plain

ここで,先の画像重ねと同様,2D anatomical Viewerから押しピンボタンを押下します.
この時,一番上の「L」ボタンについて,つぶらな瞳を閉じさせます.
そうして,真ん中のスライダーを移動させると,図のように透過させた脳内の情報を見ることができます.
f:id:tomokop:20140202005520j:plain

モデルも同じ様な操作で,重ね合わせが可能です!

*1:nhdr formatについて,すみません...わかりません.情報いただけると嬉しいです